Alfons Labisch studierte Geschichte, Sozialwissenschaften, Philosophie, Latein und Medizin an der RWTH Aachen und der Universität zu Köln. Er promovierte in Geschichte und in Medizin und habilitierte sich für das Fach Neuere und Neueste Geschichte. Von 1979 bis 1991 war er Professor für Gesundheitspolitik und Medizinsoziologie an der Universität Gesamthochschule Kassel, wo er sich im Jahr 1990 habilitierte. Zeitgleich praktizierte er als Arzt. 1991 erhielt er den Ruf auf den Lehrstuhl für Geschichte der Medizin an der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf. Seit 1993 war er darüber hinaus Zweitmitglied der Philosophischen Fakultät und positionierte die Düsseldorfer Medizingeschichte als interdisziplinäres Bindeglied zwischen medizinischer und philosophischer Fakultät.
Von 1997 bis 1998 war er Präsident der britischen 'Society for the Social History of Medicine'. Von 1997 bis 2000 amtierte er als Vorsitzender der Deutschen Gesellschaft für Geschichte der Medizin. 1998 bis 2002 war Alfons Labisch Prodekan und im Folgejahr Dekan der Medizinischen Fakultät der Heinrich-Heine-Universität. In dieser Zeit wurde die neue Approbationsordnung für Ärzte eingeführt, verbunden mit einer Reform des Medizinstudiums. Von 2003 bis 2008 war er Rektor der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf.
Seit 2004 ist er Mitglied der Leopoldina in der Sektion Wissenschafts- und Medizingeschichte. Er setzte sich für die 2012 erfolgte Gründung des Studienzentrum für Wissenschafts- und Akademiengeschichte der Leopoldina ein, das er bis 2019 als Sprecher begleitete.
Seit 2011 ist er Ehrenmitglied des Council of the Confucius Institute Headquarters Hanban, Beijing, seit 2016 Universitätsprofessor honoris causa der Beijing Foreign Studies University und seit 2019 Distinguished Professor für Globale Geschichte der Wissenschaft und Medizin der Beijing Foreign Studies University.
Er veröffentlichte zahlreiche Arbeiten auf dem Gebiet der Sozialgeschichte des öffentlichen Gesundheits- und Krankenhauswesens. Weitere Forschungsschwerpunkte betreffen langfristige Entwicklungen des Wechselverhältnisses von Gesundheit, Medizin und Gesellschaft, etwa am Beispiel der Malariaforschung, einschließlich der historischen und aktuellen Bedingungen medizinischen Denkens und ärztlichen Handelns. Zudem beschäftigte er sich mit Wissenstransfer zwischen Europa und Ostasien in langfristiger Perspektive und mit unterschiedlichen Konzepten von Moderne. Ein weiteres Forschungsfeld bildete die vergleichende Sozial- und Kulturgeschichte körperlicher Bewegung sowie die Wissenschaftsgeschichte der Bewegungsforschung.